Uno dei vantaggi di NOOBS è di installare una piccola recovery, che è quella che contiene lo strumento di installazione degli OS. Oltre alla prima installazione si può ritornarci premendo shift all'avvio, nel caso occorre reinstallare il sistema, senza dover riscaricare noobs e ripreparare la SD.
Se scegli più di un OS con noobs, li metterà in multiboot. Che tu ne scelga uno, due o tre, noobs riempirà tutta la SD, tranne la Recovery. Quindi se vorrai aggiungere o modificare uno solo dei sistemi, li perderai tutti.
Win32 Disk manager é ancora più "distruttivo" : una immagine non tiene conto né della formattazione né delle partizioni che trova: ci si mette sopra perdendo tutto quello che c'era prima. In quel caso perderesti noobs, Raspbian ecc.
Per installare più sistemi, usa noobs stesso, è fatto apposta. Se uno dei sistemi che vuoi installare non è compreso in noobs (ad esempio retropie), allora dovrai usare
Berryboot per realizzare il multiboot, che è già più avanzato. Ma il consiglio è : provale una alla volta, magari su più sd (per quel che costano! E tutto il software è gratuito) in modo da capire bene di cosa necessiti, prima di fare la sd "definitiva"