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Tramite porta USB, possibilmente 3. Ovviamente necessita dell'adattatore sata-USB. In rete trovi una moltitudine di case che fanno esattamente questo.
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Se si installa un HAT sul Pi5, compreso il supporto a memoria NVMe, viene preclusa l'installazione della ventolina di raffreddamento poichè la ventola non potrebbe raffreddare il SOC essendoci in mezzo l'HAT. Lo stesso dicasi per il case in quanto le dimensioni non permettrebbero l'uso dell'HAT.
Sarà interessante vedere come procede la fondazione sulla risoluzione.
Molto probabilmente l'utilizzo di un connettore maschio per il GPIO, anche sui nuovi prodotti, garantisce la retro- compatibilità con quanto già prodotto negli anni precedenti.
Perchè poi maschio e non femmina: molto probabilmente per motivi costruttivi; se hai mai aperto uno degli ingressi di un connettore femmina, avrai notato che sono due sottilissime lamine contrapposte ad assicurare il contatto elettro-meccanico. Se utilizzandole nel tempo perdono elasticità, il contatto elettrico potrebbe non venire assicurato. Un pin maschio invece assicurerà nel tempo il contatto, in particolare modo se dorato (no ossidazione).
Ammettendo pure che fosse installato un connettore femmina: quale puntale di tester potrebbe entrare nei fori? Dovresti utilizzare degli artifici (qualcosa metallico che entra nel foro, cavetti dupont, ecc.) per effettuare la misura.
Ovviamente sono solo considerazioni personali.