Normalmente, no. questo perchè la parte di decrittazione dovrebbe essere nel "BIOS" e in Raspberry quest'ultimo è proprio sulla SD.
Potresti creare una nuova partizione, criptarla e spostarci dati e applicazioni, ma comunque comporterebbe diversi compromessi, come inserire la password al boot, che verrebbe richiesta a ogni riavvio, anche automatico.
un paio di link per te, se vuoi sperimentare: Link1 link2