[Zzed]

E' probabile che le possibili interferenze di un motore brushless siano connesse alla tipologia del driver di controllo delle bobine dello statore e dalla intensità delle correnti circolanti...

Assolutamente..
Non dico che tutte le ventole brushless siano affette da questo problema, ma che molte economiche abbiano driver non proprio di qualità che nel tempo, con il deteriorare dei componenti, possano andare leggermente fuori sincrono, soprattutto quando sono alimentate fuori dai parametri nominali.
In sostanza, se non si può fare a meno di una ventola (e spesso si piò), trovo consigliabile alimentarla a parte, ove è possibile, per evitare ogni tipo di problema, anche potenziale, Oppure, se il GPIO è l'unica possibilità, sono meglio quelle dotate di elettronica aggiuntiva di controllo e filtraggio come quella ufficiale o la Fan Shin. Il PI 5 5ha apposito connettore per ventola quindi penso abbia già tali accorgimenti.