Accesso a RaspberryItaly

Vorrei sapere se e' possibile copiare directory intere con relative sottodirectory con i comandi di terminale.
Mi sarebbe utile perche tramite il sudo potrei trasferirle anche nelle directory protette, dove non e' possibile accedere tramite il file manager.
Se per caso esistesse qualche possibilita di accedere in scrittura tramite il file manager alle directory protette mi piacerebbe saperlo.

Ho una SD da 32 GB su cui ho installato il sistema operativo con alcuni software e relative configurazioni.
Ho come al solito attivato la procedura che espande il filesystem e occupa l'intero spazio disponibile pur essendo praticamente certo che i dati veramente occupati sono molto molto inferiori a 32 GB.
Ho fatto una copia con Win32DiskImager. Vale circa 30 GB.
Adesso questa copia la vorrei trasferire su una SD da 16 GB.
Esiste qualche facile e sicura procedura che realizzi quanto descritt