Accesso a RaspberryItaly

Vorrei sapere se e' possibile copiare directory intere con relative sottodirectory con i comandi di terminale.
Mi sarebbe utile perche tramite il sudo potrei trasferirle anche nelle directory protette, dove non e' possibile accedere tramite il file manager.
Se per caso esistesse qualche possibilita di accedere in scrittura tramite il file manager alle directory protette mi piacerebbe saperlo.